Protektorát Čechy a Morava se ve druhém válečném roce 1941, dva a půl roku po připojení k Říši, stal vedle Porůří důležitým centem německého zbrojního průmyslu. Ve Škodových závodech v Plzni a brněnské Zbrojovce měli Němci k dispozici dvě z největších a nejvýkonnějších kováren zbraní na světě. Kromě toho byla podstatná část německé válečné produkce z leteckou válkou ohrožených západních území ve stále větší míře překládána do Čech. Třetina německých tanků, čtvrtina nákladních aut wehrmachtu, čtyřicet procent lehkých kulometů, to vše se vyrábělo v Čechách. Tendenci k přemístění zbrojního průmyslu následovaly také široké oblasti veřejné správy a říšské úřady.
Vedlejším důsledkem tohoto stěhování byl silný nárůst podílu německého obyvatelstva v protektorátu. Každé narušení stabilních poměrů a následný pokles zbrojní produkce musel německou frontu v Rusku citelně zasáhnout. Každou sabotáž na železnici, každé drastické snížení zemědělské produkce musela Říše pociťovat jako výzvu a zároveň hrozbu, již bylo nutno odstranit.
Jak moc bylo možno zasáhnout německou vojenskou sílu a válečné hospodářství v protektorátu, to věděli na Západě stejně dobře jako jejich nový spojenec Rusko. Londýn a Moskva iniciovaly v létě roku 1941 poprvé společně novou vlnu odporu proti německým okupantům. Nálada a výkonnost českého dělnictva poté prudce klesaly.
Propaganda hnutí odporu a exilové vlády dopadala na úrodnou půdu, protože v protektorátu bylo silně narušeno zásobování. Hlavním viníkem této situace byl černý obchod a keťasení, na kterém se podílely všechny skupiny obyvatelstva protektorátu: Češi, Židé i Němci. Ti odpovídali za drasticky nedostatečné zásobování masem a tuky, ale i za nedostatek přidělovaných přídavků pro pracující, zejména cigaret. V černém obchodě se činili také němečtí straničtí funkcionáři. Řetězový prodej zajišťovali většinou čeští hostinští a řezníci, kteří tak dělali životní obchody. Mezi pracujícími to pochopitelně nadělalo zlou krev.
Přehnaný šovinismus Němců vůči všemu českému se zostřoval a politicky směroval hospodářskou nespokojenost. Němci opakovali chyby, které byly předtím vyčítány Čechům v jejich přístupu k českým Němcům. Ze všech těchto důvodů měla v létě roku 1941 hesla hnutí odporu a vysílání BBC široký ohlas. Objevily se první příznaky počínajícího stávkového hnutí. Výsledky tomu odpovídaly. Od června do září poklesla zbrojní výroba v protektorátu o osmnáct procent, v některých továrnách až o pětatřicet.
V Berlíně se bilo na poplach. Úměrně poklesu zbrojní výroby narůstal počet čistých sabotážních aktů a dosáhl zatím nepoznaného rozsahu. Chtěl-li Berlín zabránit nárůstu odporu, který mohl v zázemí východní fronty narůst k nepokojům, musel svou politiku změnit.
Právě v té době protektorát padl do oka SSobergruppenfuhrerovi Reinhardu Heydrichovi. Po deseti letech budování německého bezpečnostního aparátu ho, jak sám prohlašoval, již role „děvečky pro všechno“ a „odpadového koše Říše“ přestávala uspokojovat a hledal novou cestu k moci.
Kvůli zostření bezpečnostní situace proto již v červenci Heydrich posílil služebny bezpečnostní policie a SD i gestapa v Praze a v Brně. Ze zpráv, jež dostával do Berlína, se mu skládal obraz „bouře, která se žene nad protektorátem“. Prostřednictvím Heydrichova úřadu potom dostávali extrakt zpráv z vedoucích míst SD také Adolf Hitler a šéf jeho sekretariátu, Martin Bormann. V jednom hlášení úřadu říšského protektora se mluvilo i o přípravě hesel k povstání, a dokonce o generální stávce chystané na 28. říjen 1941. Bylo třeba jednat, a tak byla na 22. září stanovena porada ve vůdcově hlavním stanu.
Heydrich se nechal, jak bylo jeho zvykem, na jednání připravit velitelem bezpečnostní policie a SD v Praze, H. Bohmem. Ten mu předložil zejména podrobnosti o gestapem odhalené spolupráci protektorátní vlády generála Aloise Eliáše a exilové vlády v Londýně. Tyto poznatky Heydrich využil při setkání s vůdcem 22. září v Rasteburku, jehož se též zúčastnil říšský vedoucí SS Heinrich Himmler a státní sekretář protektorátu Karl Hermann Frank. Hitler byl detailní Heydrichovou znalostí českého „problému“ nadšen. Když se 23. září dostavil říšský protektor Konstantin von Neurath (kvůli špatnému počasí zmeškal letadlo), bylo o jeho osudu rozhodnuto. Říšský kancléř mu sdělil, že chce v protektorátu nastolit ostřejší kurs a z toho důvodu pověří vedením úřadu protektora „na nějakou dobu“ Reinharda Heydricha.
Jmenování zastupujícím říšským protektorem, de facto výhradním držitelem moci v jedné z nejvýznamnějších provincií velkoněmecké říše, splnilo Heydrichovi dávný sen. Ocitl se v první řadě hierarchie Třetí říše a nad sebou měl už jen Hitlera. Spravoval vlastní teritorium, kde vládl sám neomezenou mocí.
Do Prahy přijel Reinhard Heydrich 27. září 1941. „Méně strpět a méně dráždit,“ to byla jeho koncepce pro protektorát, jež zahrnovala tvrdé potlačení odboje, zastrašení českého obyvatelstva a protektorátní vlády terorem, neutralizaci mas dělníků sociálně a politicky atraktivními nabídkami a zvýšení kázně mezi německou vrstvou náchylnou ke korupci. Téhož dne vyhlásil Heydrich výjimečný stav. Národní odboj byl po pár týdnech jeho vlády v troskách.
Nový protektor věděl, že použití tlaku samo o sobě nemůže stačit, aby byla vláda a obyvatelstvo v krátké době povolné, jak to vyžadovaly hospodářské cíle. Na vrstvě buržoazní inteligence mu nezáleželo, ale na tom, aby jeho politiku akceptovali dělníci a drobní rolníci, ano.
K tomu musel nejprve osvědčit zdání spravedlnosti. Začal nejdříve tvrdými opatřeními: 169 ze 404 rozsudků smrti, které vynesly stanné soudy, bylo vydáno nikoli pro politický odboj, ale kvůli hospodářským deliktům. Keťasové, podloudníci a rolníci porážející načerno dobytek, již nesli hlavní vinu za špatné zásobování obyvatelstva, byli nemilosrdně pronásledováni.
O pět dní později, 2. října, nařídil Heydrich nové sčítání dobytka a inventarizaci zásob obilí. Všem, kdo při minulém sčítání hovězího dobytka v červnu a inventarizaci prasat v září udali chybná čísla a nyní chybějící kusy nahlásili dodatečně, byla zaručena beztrestnost. Za několik dní informoval protektor hlavní stan v Berlíně, že počty byly „překročeny o tisíce“. Potraviny, jež byly zajištěny u keťasů a podloudníků, dal Heydrich demonstrativně rozdělit do kantýn velkých závodů. Dělníci měli uvěřit, že nebojuje proti českému národu, ale že teror je zaměřen výhradně proti aktivistům odboje a „škůdcům lidu“, kteří jediní nesou odpovědnost za špatnou hospodářskou situaci v protektorátu. Proto také začal v závodech zavádět dosud neznámý systém závodních jídelen, kde se dostávalo jídlo bez lístků.
Nástrojem, kterým chtěl Heydrich svou politiku přiblížit masám, se měly stát odbory. Ty na svou stranu získal prohlášením, že zásobování masem a tuky se po přepočítání zlepší a že se navíc postará o pracovní obuv a příplatky na děti.
Koncem října bylo skutečně možno vyrovnat příděly tuku pro těžce a velmi těžce pracující s příděly v Říši. Měsíční příděl na zvláštní potravinové lístky činil 1040 gramů. Jako další okamžité opatření se Heydrich postaral o odstranění nedostatků v zásobování tabákovými výrobky. Díky zabaveným penězům překupníků dal dělníkům okamžitě k dispozici dvě stě tisíc párů pracovní obuvi. V závodech je bezplatně rozdělovaly závodní rady a odbory.
Z Heydrichovy strany se nejednalo o žádné milosrdenství, ale jak řekl, tuk, boty, cigarety a peníze jsou faktory politického vlivu, který on sám musí budovat usilovně, chce-li úspěšně splnit zbrojně-politický úkol, pro který byl do Čech poslán.
K těmto opatřením patřila také reforma sociální péče a sociálního pojištění. V protektorátu stále ještě platil standard Československé republiky, který byl daleko pozadu za standardem Říše. Heydrich dal proto připravit nařízení, které vstoupilo v platnost 1. dubna 1942. Invalidní, starobní a vdovské důchody se zvýšily o 75 procent. Poprvé bylo zavedeno povinné pojištění pro případ nezaměstnanosti.
Na 1. máje 1942 nechal jen pražským dělníkům rozdat 116 tisíc volných vstupenek do kin a 18 tisíc lístků do divadel. Tři tisíce dělníků dostaly k 1. máji darem dovolenou na zotavenou. Na rozdíl od svého předchůdce von Neuratha, jenž se spíše opíral o kruhy československé šlechty a velkoburžoazní finanční aristokracii, ale přitom zcela ztratil kontrolu nad lidem, se Heydrich ucházel o dělnické masy. Staral se o mzdové otázky, podnikal cesty dobré vůle do velkých závodů, rozděloval zvláštní prémie.
Heydrichova činnost přinesla velmi rychle kýžené výsledky, což vyvolávalo zděšení v Londýně i v Moskvě. Benešův důvěrník Jaromír Smutný například prohlásil, že máme doma hodně kolaborantů a náš průmysl je největším a nejhorlivějším dodavatelem zbraní do Německa
. Kruhy odboje, inteligence a velkoburžoazie obviňovaly dělníky obecně z úplatnosti.
Je možné konstatovat, že Heydrich svůj krátkodobý cíl „neutralizace“ obyvatelstva zvládl. Neztrácel však přitom se zřetele dlouhodobý cíl, který si německá politika v protektorátu vytkla, a to přivtělit česko-moravský prostor „definitivně“ k Říši a „odnárodnit“ český národ.
Na jaře roku 1942 byl Heydrich na vrcholu moci. Přestože byl pověřen úřadem říšského protektora, zůstával šéfem Hlavního úřadu říšské bezpečnosti. Jako šéfovi bezpečnostní policie a SD, státní tajné policie, německé kriminální policie mu nemohlo zůstat nic trvale skryto. Jelikož byl též pověřencem pro „konečné řešení židovské otázky“, byly jeho kompetence prakticky nekontrolovatelné. Šéfoval mu jen Hitler, jenž s ním byl spokojen. V jeho očích se osvědčil. Fuhrer proto plánoval pro Heydricha mnohem důležitější úkoly. Ten za ním měl 27. května 1942 přiletět do Berlína k převzetí dalšího významného postu. Reinhard Heydrich napevno počítal se jmenováním šéfem civilní správy Belgie a severní Francie a „protektorem“ vichistické Francie. Nikdy tam však nedorazil.
Atentát na Reinharda Heydricha byl spáchán 27. 5. 1942 v 10:35. Zemřel 4. 6. 1942.
