Provoz datových schránek hned zpočátku provází problémy, ty nejpalčivější se týkají soudních zásilek. Zprávu v datové schránce je potřeba vyzvednout do deseti dní. Pokud má soudce na něco termín dva dny, tak to nemůže posílat datovou schránkou, protože datovou schránku má osoba povinnost si vyzvednout až za deset dní,
uvedl pro Český rozhlas ministr vnitra Martin Pecina s tím, že kvůli nedostatkům ve fungování datových schránek navrhne změnu zákona.