Fio bance dosud chyběla možnost odesílat a přijímat SEPA platby, pro rychlé europlatby dosud využívala systém TARGET2. Nyní už je možné používat systémy oba, což je vzhledem k rostoucímu využívání SEPA plateb důležité. Některé evropské, zejména pak internetové, banky využívají pro evropský prostor pouze režimu SEPA.
Přijatá SEPA platba stojí u Fio banky 25 Kč, odchozí potom 50 Kč. Není k tomu potřeba mít účet vedený v EUR, u účtů v jiných měnách dojde při připsání nebo odepsání platby k přepočtu dle aktuálního kurzovního lístku.
SEPA platby už nabízí drtivá většina českých bank, stále je však nepodporuje například Air Bank.